保護(hù)區(qū)地處青藏高原向四川盆地過渡的邛崍山脈南段。全境褶皺密集,，斷裂發(fā)育,，形成以高山為主的地貌,。地勢西北高,、東南低，地表崎嶇,，常見相對高度1 000米左右的“v”形深谷,。

構(gòu)造對地貌的影響十分顯著。由于中生代末以來七千萬年間,，印度板塊平均每年以6-12厘米的速度,，向北漂移了5 000-7000公里，在晚第三紀(jì)與歐亞板塊相撞并俯沖入其下部,，迫使古地中海消失,，青藏高原與喜馬拉雅山升起。同時(shí)印度板塊又以每年6-12厘米的速度向東南滑動(dòng),，因受楊子板塊和華北板塊所阻,，造成了南北向斷裂的橫斷山脈。第三紀(jì)后,，印度板塊仍以上升為主,。沿河流分布的三一一四級階地表明，第四紀(jì)以來,，印度板塊上升達(dá)150米,，加上河流侵蝕作用，切豁深達(dá)二,、三千米之多,，因而造成該區(qū)高山深谷特征。在晚第三紀(jì)以前,，該區(qū)盛行西風(fēng),，青藏高原崛起之后，破壞了西風(fēng)環(huán)流型式，產(chǎn)生了西伯利亞高壓,，增強(qiáng)了季風(fēng)環(huán)流活動(dòng),，熱、水條件適宜動(dòng)植物繁殖,。第四紀(jì)繼震旦紀(jì),、石炭紀(jì)之后出現(xiàn)了廣泛的大冰川活動(dòng)。該區(qū)此時(shí)正系高山峻嶺區(qū),，因此分布著山地冰川,，從夾金山冰川地貌與河谷兩岸沉積物證明了這一點(diǎn)。當(dāng)冰川出現(xiàn)時(shí),，迫使當(dāng)?shù)刂参镫S著冰川進(jìn)退沿南北向河谷往返遷移，與此同時(shí)也促進(jìn)了植物演化,，植物在與寒冷氣候斗爭過程中不斷地產(chǎn)生適應(yīng)性,，以新的形態(tài)、結(jié)構(gòu)和習(xí)性適應(yīng)新的環(huán)境,，甚至出現(xiàn)新種,。因此，植物豐富多彩,，古老植物得以保存,，與此相應(yīng)，動(dòng)物也種類繁多,。

保護(hù)區(qū)按海拔高度主要分為高山區(qū),、中山區(qū)兩個(gè)地貌類型區(qū)。

（1）高山區(qū)海拔3500米以上,，主要分布于東經(jīng)102°30′ 以西和北緯30°40′以北,，以永富和磽磧兩鄉(xiāng)分布最廣，在與康定縣交界地帶有點(diǎn)狀分布的極高山,。高山區(qū)出露三疊紀(jì)地層很普遍,，東南與中山區(qū)臨界帶多出露古生界及其以前的地層，并多變質(zhì),。地質(zhì)構(gòu)造主要受金湯弧和寶興背斜西翼的控制,，構(gòu)造和巖性對地貌形態(tài)特征作用明顯，現(xiàn)代外營力的流水剝蝕侵蝕和機(jī)械風(fēng)化作用,，對地貌影響較顯著,，山體高大雄偉。西北部溝谷較南部開闊,，山體下部較陡,，上部和頂部較緩和。在海拔4500米左右的地段以上,，老第三紀(jì)的山頂夷平面保存較好,。石灰?guī)r出露地區(qū),，因其多變質(zhì)，且山地氣溫低,，所以巖溶地貌不甚發(fā)育,，僅局部有少數(shù)溶洞出現(xiàn)。海拔4200 m以上山體,，集中分布在保護(hù)區(qū)北段,，最高點(diǎn)在北側(cè)二十四凼，海拔4896 m,。天然植被保存較好,。

（2）中山區(qū)在高山區(qū)的東南面，海拔1000米以上,，3500米以下,。基本是北東向構(gòu)造帶的寶興背斜軸部及其東翼,，現(xiàn)代外營力主要是流水的剝蝕作用,，有輕微的巖溶。整個(gè)中山區(qū)地勢東北,、西南高,，中部低。北部切割深達(dá)600－1000米,，屬中切割山,。西北部地表為古生界的白云巖、石英砂巖,，局部出露中生界地層和元古界花崗巖與變質(zhì)巖,。東南部地表以三迭系的白云巖、白云質(zhì)灰?guī)r,、灰?guī)r為主,，局部有志留系頁巖和白云巖。東河以東的城關(guān)—民治一帶處寶興背斜核部,，地表以元古界花崗巖及變質(zhì)巖為主,，局部出露古生界的白云巖、灰?guī)r和石英砂巖,。中山區(qū)由于長期的侵蝕和剝蝕,，花崗巖出露廣泛，山坡陡直,，山頂成嶂,，多“v”形谷，沿河有1-4級階地。除東河以東外,，這里原始森林的采伐量比高山區(qū)大,。沖積堆、坡積位于主支流交匯處和山坡下部,，零散破碎,。沖積臺(tái)地和洪積臺(tái)地分布在河流兩岸，為農(nóng)作物地帶,。