保護(hù)區(qū)涉及磽磧,、蜂桶寨,、靈關(guān)及穆坪四個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn),范圍包括保護(hù)區(qū)東河以東部分——北面與臥龍國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)相連，東與蘆山縣為鄰,，西北面至鍋巴巖正溝與柳落溝的分水嶺,，南抵穆坪鎮(zhèn)中壩至金臺(tái)山山脊，西北以東河沿線國(guó)有林集體林界線為界,；東河以西部分——包括大水溝,、樺溪林溝、快樂溝,、得勝溝匯水面積中的國(guó)有林地部分,。其功能區(qū)劃如下:

核心區(qū):面積為27581.5公頃，占保護(hù)區(qū)總面積的70.65%,。范圍包括汪家溝巖峰溝,、鄧池溝的上部、鍋巴巖溝的中部,、椿米溝,、射射溝,、磨子溝、火石溪溝,、甘木溝,、杉木溝、冷木溝,、教場(chǎng)溝等東河以東的國(guó)有林地,。

核心區(qū)是保存最完好的天然狀態(tài)的生態(tài)系統(tǒng)，以及大熊貓等珍稀瀕危動(dòng)植物的集中分布地,。海拔3000米以上區(qū)域,，以保護(hù)牛羚、巖羊,、綠尾虹雉等亞高山動(dòng)物以及亞高山針葉林,、亞高山灌叢、高山草甸等自然植被為主,，本區(qū)域自然資源和自然環(huán)境保存最為完整,；海拔2000—3000米區(qū)域，以保護(hù)大熊貓,、金絲猴,、牛羚等珍稀瀕危野生動(dòng)物和針闊葉混交林等植被為主；海拔2000米以下區(qū)域,，以保護(hù)珍稀鳥類,、中小型獸類及山地闊葉林等植物為主，區(qū)內(nèi)大部分植被為次生植被,。

緩沖區(qū):面積為2897.5公頃,，占保護(hù)區(qū)總面積的7.42%。其范圍主要包括中壩鄉(xiāng)紫云村的國(guó)有林地,。

實(shí)驗(yàn)區(qū):面積為8560.0公頃,，占保護(hù)區(qū)總面積的21.93%。其范圍主要包括大水溝,、得勝溝,、樺溪林溝、快樂溝的全部國(guó)有林,，鍋巴巖溝與菜塘溝交匯處向正溝延伸2.5公里的兩側(cè)海拔2300米以下的區(qū)域以及鍋巴巖溝尾海拔3600米以上的部分區(qū)域,。

實(shí)驗(yàn)區(qū)在緩沖區(qū)的外圍，起到對(duì)核心區(qū)更大的緩沖和保護(hù)作用,，同時(shí)起到保護(hù)區(qū)與周邊社區(qū)聯(lián)系的紐帶作用，為保護(hù)區(qū)和社區(qū)的共同發(fā)展提供了良好的條件,。實(shí)驗(yàn)區(qū)也是保護(hù)區(qū)內(nèi)人為活動(dòng)相對(duì)頻繁的區(qū)域,。區(qū)內(nèi)可以從事科學(xué)實(shí)驗(yàn),、教學(xué)實(shí)習(xí)、參觀考察,、生態(tài)旅游,、野生動(dòng)植物的繁殖馴化及其它有價(jià)值資源的開發(fā)利用等。