保護(hù)區(qū)內(nèi)地質(zhì)構(gòu)造復(fù)雜,，巖石多樣，山高坡陡,，水土流失嚴(yán)重,，其巖石風(fēng)化物給土壤形成和發(fā)育帶來明顯的影響。巖石類型主要有四大類：一是酸性巖,，包括元古界花崗石,、混合花崗巖等；二是中性巖類,，包括閃長巖,、石英閃長巖等；三是碳酸鹽巖類,，包括白云質(zhì)石灰?guī)r,，泥盆系石灰?guī)r、大理巖,、古生界白云巖,、三迭系白云巖、灰?guī)r等,；四是泥質(zhì)巖,，包括細(xì)砂巖、沙礫,、千枚巖等,。

土壤受母質(zhì)的影響大，巖性土壤多，地面基巖裸露較多,。土壤母質(zhì)類型多,，主要以坡積、殘積或坡殘積物為主,，其次為洪沖擊和冰水積物,，構(gòu)成水分和物質(zhì)的遷移不均一，水中石砂含量增多,，夾石量高,，粗骨性的幼年土面積大。

保護(hù)區(qū)內(nèi)土壤有明顯的垂直帶譜,，該垂直帶有明顯的過渡特征,。從低海拔到高海拔，依次分布著山地黃壤－山地黃棕壤－山地棕壤－山地暗棕壤－高山灌叢草甸土－高山草甸草原土－寒漠土,。

1000－1500 m為山地黃壤,，成土母質(zhì)為元古界黃河水群輝長巖風(fēng)化物，土體呈黃色,，土壤呈強(qiáng)酸性,，分布在鹽井等地,；1500－2200m為山地黃棕壤,，成土母質(zhì)為元古界黃河水群閃長巖風(fēng)化物，土體呈黃棕色,，比山地黃壤肥力強(qiáng),，其植被為常綠闊葉、落葉闊葉混交林,；2200－2900m為山地棕壤,，成土母質(zhì)為砂巖、板巖,、灰?guī)r等殘坡積母質(zhì)發(fā)育而成,，屬重壤、輕黏質(zhì)地,，植被以針闊混交林和灌木叢為主,；2900－3500m為山地暗棕壤，分布在中山上部和高山中部,，成土母質(zhì)以千枚巖,、板巖為主，其次為大理巖,、灰?guī)r和坡殘積物,，屬重壤質(zhì)地，植被以針闊混交林為主，分布在磽磧北部,、鹽井東北部,；3500－3900m為高山灌叢草甸土，成土母質(zhì)為板巖,、閃長巖,、玄武巖、坡殘積物和冰水積物,，植被以高山灌木林和高山蒿草類為主,，分布在磽磧、永興與小金,、康定接壤的高原地帶,；3900－4500m為高山草甸草原土，成土母質(zhì)為冰磧物發(fā)育而成,，屬重壤,、粘土質(zhì)地，植被以高山蒿草類為主,；4500m以上為寒漠土,，成土母質(zhì)為冰積物或物理風(fēng)化碎屑、坡殘積物,，山坡巖石裸露,，在表面碎石之間有土質(zhì)分布，分布在磽磧東北等地,。